En l'absence de traitement, l'évolution de la polyarthrite rhumatoïde est très variable. Elle peut progresser régulièrement et toucher presque toutes les articulations en quelques semaines ou quelques mois, ou rester confinée à quelques articulations pendant des années et redevenir soudainement active par épisodes. Chez 10 à 30 patients, la maladie est légère et stable, alors que chez 70 patients, elle s'aggrave au fil des ans si elle n'est pas traitée de manière optimale par des médicaments de base.
Si la polyarthrite rhumatoïde n'est pas traitée, elle détruit les articulations touchées à tel point qu'elles deviennent de moins en moins mobiles et finissent par se raidir complètement. Les patients souffrent de douleurs intenses, sont souvent incapables de travailler et perdent une grande partie de leur qualité de vie. Les patients atteints de polyarthrite rhumatoïde et ne sont pas traités de manière optimale selon les connaissances et les possibilités actuelles, ont un taux de mortalité plus de deux fois supérieur à celui de la population normale, et leur espérance de vie moyenne est de 3 à 13 ans plus courte. La raison en est qu'en plus des articulations, d'autres organes sont souvent touchés, comme le cœur et les poumons notamment. Les lésions du cœur et des vaisseaux sanguins sont la principale cause de décès dans la polyarthrite rhumatoïde.
Cependant, plusieurs études montrent que le traitement moderne du rhumatisme par le méthotrexate et les produits biologiques réduit considérablement la mortalité accrue et l'aligne sur la mortalité normale de la population. Étant donné que la destruction des articulations progresse le plus rapidement au début de la maladie, le traitement par des médicaments modificateurs de la maladie peut influencer le plus efficacement l'évolution de la maladie au cours de cette phase. En général, plus la polyarthrite rhumatoïde est diagnostiquée et traitée tôt, plus les dommages permanents peuvent être évités. Par exemple, le risque de dommages permanents aux articulations est réduit de moitié si la polyarthrite rhumatoïde est traitée dans les six mois suivant son apparition. Les chances de stopper la maladie et de ne plus présenter de symptômes sont multipliées par trois pour les patients.
Bien que la prise en charge des patients atteints de polyarthrite rhumatoïde se soit considérablement améliorée ces dernières années, de nombreux patients ne reçoivent toujours pas le traitement approprié à temps. Cela s'explique par le fait que les patients ne se rendent pas immédiatement chez le médecin lorsqu'ils constatent les premiers signes de la maladie, ou que la maladie n'est pas reconnue et qu'ils ne sont orientés vers un spécialiste par leur médecin généraliste que tard dans la journée.
En outre, il n'y a pas assez de rhumatologues en France, de sorte que les délais d'attente pour un rendez-vous de traitement dans les établissements de rhumatologie ambulatoire sont souvent trop longs.
En principe, le pronostic de la polyarthrite rhumatoïde est toutefois très positif, car elle peut être traitée avec de plus en plus de succès grâce à une thérapie de base précoce et aux nouvelles options thérapeutiques (produits biologiques, thérapies de base synthétiques ciblées), et l'arrêt de la maladie est un objectif réalisable.